"Miss You" opowiada o tęsknocie za ukochaną osobą. Aaliyah śpiewa tu z perspektywy dziewczyny, która musiała rozstać się ze swym partnerem, mimo że była z nim naprawdę szczęśliwa. Byli jednak tylko dzieciakami i życie dogoniło ich, gdy okazało się, że ukochany wokalistki musi się wyprowadzić, by zmienić szkołę.
Od ich rozłąki minęło już trochę czasu, ale dla autorki czas wcale nie wydawał się leczyć ran. Wciąż brakuje jej obecności tego chłopaka, tęskni za nim dzień w dzień tak samo. Wspomina wspólne chwile, nie mogąc się pogodzić ze stratą. Z drugiej strony rozumie, że tak musiało być. Szanuje to, że pewnie jej były partner ma już zupełnie nowe życie i udało mu się zostawić przeszłość za sobą. Ona jednak nie potrafi przekreślić jej tak łatwo. Mimo że wie, jak mało prawdopodobne, by do niej wrócił to i tak łudzi się, że może jakimś cudem to się stanie. Nie jest w stanie poradzić sobie bez niego, czuje się opuszczona i samotna.
Nikt jej nie rozumie tak dobrze, jak jej ukochany, a teraz, gdy go zabrakło, życie wydaje się pozbawione sensu. "Miss You" dobrze oddaje siłę młodzieńczej, szalonej miłości. Rozłąka traktowana jest tu jako coś uniemożliwiającego życie, pozbawiającego wszelkiej nadziei. Koniec miłości przypomina raczej koniec świata.
